نسب آل مظفر به غیاث‌الدین حاجی که از مردم خواف خراسان بود می رسد. این شخص در موقع حمله چنگیزخان موطن خود را رها ساخت و در یزد مقیم شد. مؤسس آل مظفر، شرف‌الدین منصور ابن غیاث‌الدین حاجی است که در خدمت قراختائیان کرمان و ایلخانان مغول از خود شایستگی نشان داد و به حکومت یزد و میبد منصوب شد.
امیر مبارزالدین محمد
هنگام درگذشت شرف‌الدین مظفر فرزندش مبارز الدین که بیش از ۱۳ سال نداشت، برای دفع شر دشمنان پدرش به اولجایتو پناه برد و تا دوره ایلخانی در اردوی ایلخانی مقیم بود. زمانی که ابو سعید جانشین او شد، به‌فرمان وی امیر مبارز مقام سابق خود را به دست آورد. بعد از درگذشت ابوسعید، به دلیل بروز هرج‌ومرج در کشور، امیر مبارز الدین هم به فکر استقلال افتاد. در سال ۷۵۹ هجری شاه شجاع و شاه محمود پسران امیر مبارز الدین همدست شدند، سپس پدر خود را تنبیه و کور کردند.
شاه شجاع
شاه شجاع بعد از کور کردن پدر خود زمام امور را در دست گرفت و شاه محمود برادر خود را به حکومت عراق عجم و ابرقو منصوب کرد. در سال ۷۴۴ هجری شاه محمود از اطاعت برادر خود سرپیچید و شاه شجاع عازم سرکوبی او شد. سرانجام بین آن‌ها صلح برقرار شد، لیکن شاه محمود پنهانی با سلطان اویس ایلکانی همدست شد و در سال ۷۶۵ هجری به اتفاق یاران خود با شاه شجاع جنگید. شاه شجاع شکست خورد و در شیراز متحصن شد. این بار نیز بین طرفین صلح برقرار گردید. سپس شاه شجاع رهسپار ابرقو شد و در سال ۷۶۶ هجری به دلیل اوضاع آشفته کرمان، آن شهر را تصرف کرد و در سال ۷۶۷ هجری عازم تصرف شیراز شد. در نزدیکی فسا جنگی بین دو برادر در گرفت که به فتح شاه شجاع منجر شد.
در سال ۷۸۱ هجری شخصی به نام عادل آقا در سلطانیه قیام کرد و در صدد تاخت‌وتاز به قلمرو آل مظفر برآمد. شاه شجاع به مقابله وی شتافت و پس از تصرف سلطانیه، عادل آقا را عفو کرد و به شیراز برگشت.
سلطان زین‌العابدین
زین العابدین فرزند شاه شجاع، بعد از مرگ پدر به‌جای او نشست. در سال ۷۸۸ هجری امیر تیمور گورکانی، نماینده‌ای نزد زین العابدین فرستاد و او را طبق وصیتنامه شاه شجاع نزد خود خواند. زین العابدین گذشته از اینکه اعتنائی به پیغام امیر تیمور نکرد، اجازه مراجعت به ایلچی او را هم نداد و به همین علت امیر تیمور در سال ۷۸۹ هجری از همدان به اصفهان حمله برد و آن شهر را به تصرف خود درآورد. زین العابدین که تاب مقاومت در خود نمی‌دید، به سمت بغداد گریخت. لیکن در نزدیکی شوشتر به دست شاه منصور حکمران آن ناحیه، دستگیر و در قلعه سلاسل زندانی شد.
شاه یحیی
بعد از فرار زین العابدین، شاه یحیی به‌فرمان امیر تیمور به حکومت فارس منصوب شد، اما شاه منصور بعد از زندانی کردن زین العابدین عازم شیراز شد. شاه یحیی که در برابر برادر خود تاب مقاومت نداشت شیراز را رها ساخت و رهسپار یزد شد و شاه منصور به‌آسانی بر شیراز دست یافت. شاه یحیی در مراجعت به یزد بر آن شد که کرمان را از سلطان احمد بگیرد. به همین سبب در سال ۷۹۲ هجری در صحرای بافت با سلطان احمد جنگید و از وی شکست خورد و فرار کرد.
شاه منصور
منصور آخرین پادشاه این سلسله شاه منصور است. وی در صدد جمع‌آوری سپاه و حمله به امیر تیمور برآمد. امیر تیمور همین‌که از تصمیم شاه منصور مطلع شد، به خشم آمد و در سال ۷۹۵ هجری از شوشتر عازم شیراز شد و بااینکه شاه منصور با تعداد کمی بر سپاهیان انبوه تیمور زد و شجاعت‌ها از خود نشان داد، از لشکر جرار تیمور شکست خورد و کشته شد. پس از کشته شدن شاه منصور، امیر تیمور فرمان داد که تمام افراد خاندان آل مظفر را در قریه ماهیار قمشه گرد آورند و به هلاکت رسانند. شمار کشته‌شدگان این خاندان را به دست جلادان تیمور ۷۰ تن نوشته اند.
نام پادشاهان آل مظفر
۱ ۔ امیر مبارز الدین محمد ابن غیاث‌الدین حاجی.
۲. شاه محمود پسر امیر مبارزالدین محمد.
۳. سلطان عمادالدین احمد پسر امیر مبارزالدین محمد.
۴. شاه نصرت الدین یحیی پسر امیر مبارزالدین محمد.
۵. شاه شجاع پسر امیر مبارزالدین محمد.
۶. سلطان زین العابدین پسر شاه شجاع.
۷. شاه منصور پسر شاه مظفر ابی امیر مبارز الدین محمد.