در زمان خلافت واثق (۲۲۷ – ۲۳۲ ه.ق.) شخصی به نام غسان ابن نضر در سیستان بر ضد حاکم شهر بست شورش کرد، لیکن مغلوب شد و به قتل رسید و به علت حسن شهرتی که داشت مرگ او سبب شورش بیشتر اهالی سیستان گردید. در همین حال برادر غسان، صالح ابن نضر برای گرفتن انتقام خون وی قیام کرد و به یاری شورشیان در سال ۲۳۲ هجری شهر بست را به تصرف خود درآورد. صالح را در تصرف بست باید مدیون عیاران سیستانی از جمله یعقوب لیث دانست. یعقوب مؤسس سلسله صفاریان فرزند شخصی به نام لیث بود که در ده قرئین به شغل رویگری اشتغال داشت. لیث غیر از یعقوب دارای فرزندان دیگری به نام عمرو، علی و طاهر بود. بعد از درگذشت لیث، یعقوب قرئین را ترک گفت و در شهر زرنگ به شغل رویگری ادامه داد، لیکن زمانی نگذشت که رویگری را رها کرد و عیاری را پیشه خود گردانید و همان‌طور که گفته شد، برای تصرف شهر بست در ردیف یاران صالح ابن نضر در آمد. طولی نکشید که با صالح اختلاف پیدا کرد و صالح که در خود تاب مقاومت نمی‌دید، به سمت افغانستان گریخت و شخص دیگری به نام درهم ابن نضر حکومت سیستان را در دست گرفت و یعقوب را به سمت سپهسالار اردوی خویش منصوب گردانید، اما چون از نفوذ روزافزون یعقوب متوحش شد، درصدد نابودی او برآمد. همین‌که یعقوب از نیت درهم آگاه شد، پیش‌دستی کرده، او را دستگیر کرد و خود در سال ۲۴۷ هجری زمام امور سیستان را در دست گرفت. در سال ۲۴۸ برادر خود عمرو را به‌جای خود در سیستان گذاشت و برای تعقیب صالح ابن نضر رهسپار بست شد. در سال ۲۵۱ عمار خارجی را به قتل رسانید. در سال ۲۵۳ هرات را که جزو متصرفات سلسله طاهریان بود، ضمیمه قلمرو خود ساخت. در سال ۲۵۵ هجری پس از غلبه بر علی ابن حسین، عامل معتز خلیفه عباسی، شیراز را به تصرف خود درآورد. در سال ۲۵۹ نیشابور پایتخت طاهریان را تصرف کرد و در حقیقت به دوران فرمانروایی این سلسله خاتمه داد. در سال ۲۶۲ به عزم جنگ با خلیفه عباسی عازم بغداد شد. در محل دیرالعاقول (بین بغداد و مداین) در جنگی که بین او و سپاهیان خلیفه در گرفت، یعقوب شکست خورد و عقب نشست، لیکن مایوس نشد و در سال ۲۶۴ در جندی شاپور مشغول جمع آوری سپاه شد و در همین زمان به مرض قولنج دچار شد و در سال ۲۶۵ هجری در همان محل درگذشت.
عمرولیث بعد از درگذشت یعقوب جانشین او شد و مدتی از دوران حکمرانی خود را صرف سرکوبی گردنکشان کرد. عمرو در سال ۲۶۸ هجری برای دفع شر احمد خجستانی عازم نیشابور شد و در همان ایام خجستانی به دست غلامان خود کشته شد و آتش فتنه او خاموش گردید. در همین زمان به دلیل شورش حاکم فارس، عمرو عازم آن ناحیه شد و حاکم یاغی را سرکوب کرد. در غیاب عمرو هرثمه جانشین خجستانی از فرصت استفاده کرد و به خراسان تاخت و پس از مغلوب کردن طلحه سپهسالار آن سرزمین به سیستان روی نهاد، لیکن به تصرف آنجا موفق نشد و به هرات برگشت. عمرو در سال ۲۷۰ هجری هرات را در محاصره گرفت، رافع به سمت مرو گریخت و سرانجام به دست حاکم خوارزم دستگیر شد و در سال ۲۸۳ هجری به قتل رسید. عمرو سر رافع را نزد خلیفه عباسی معتضد بالله فرستاد و در ازای آن طالب حکومت ماوراءالنهر که در تصرف امیر اسماعیل سامانی بود، شد. خلیفه در ظاهر با تقاضای عمرو موافقت کرد و پنهانی به امیر سامانی پیغام داد که در برابر تجاوزات عمرو با تمام قوا پایداری کند. عمرو در سال ۲۸۶ هجری عازم تسخیر ماوراءالنهر شد. لیکن در سال ۲۸۷ هجری از امیر اسماعیل سامانی شکست خورد و به اسارت درآمد، به‌فرمان امیر سامانی او را روانه بغداد کردند و وی در زندان خلیفه بود تا آنکه در سال ۲۸۹ هجری در زندان درگذشت.
ابوالحسن طاهر ابن محمد ابن عمرو ابن لیث
بعد از اسارت عمرولیث سران سپاه نوه او ابوالحسن طاهر پسر محمد را به امارت برگزیدند. در همین زمان مکتفی خلیفه عباسی در سال ۲۹۰ هجری حاضر شد که در مقابل گرفتن خراج سالیانه فارس را به‌صورت مقاطعه به طاهر واگذارد. طاهر قبول کرد و پس از انتصاب مأمورینی چند برای اداره سرزمین فارس، در سال ۲۹۱ هجری به سیستان برگشت و در مدت کوتاهی به دلیل زیاده‌روی در خرج، خزینه دولتی را بر باد داد و عمال او هم از ارسال مالیات به سیستان خودداری کردند و این امر هم مزید بر علت شد و بیش‌ازپیش امور سیستان را دستخوش بی‌سروسامانی گردانید. طاهر برای گرفتن مالیات فارس و کرمان در سال ۲۹۲ هجری عازم آن نواحی شد. لیکن نتیجه‌ای عایدش نشد و به سیستان برگشت و سرگرم عیاشی گردید. در سال ۲۹۶ هجری هنگامی‌که به بست رفته بود، لیث ابن علی ابن لیث که در کرمان و مکران حکومت می‌کرد، برای مقابله با طاهر خود را به سیستان رسانید. طاهر چون در خود تاب مقاومت ندید، سیستان را رها کرد و رهسپار فارس شد.
ابوعلی محمد ابن لیث
بعد از گرفتاری لیث ابن علی، اهالی سیستان برادرش ابوعلی را جانشین وی گردانیدند. در همین زمان مقتدر خلیفه عباسی احمد ابن اسماعیل سامانی را واداشت که سیستان را ضمیمه متصرفات خویش کند. امیر سامانی سیستان را به تصرف درآورد. ابوعلی ناچار به بست گریخت. دیری نگذشت که امیر سامانی به‌اتفاق سیمجور به سیستان آمد. پس منصوب کرد، در سال ۳۱۱ هجری امیر ابوجعفر احمد ابن محمد که از طرف پدر با خاندان صفاری نسبت داشت، به امارت سیستان رسید و تا سال ۳۵۲ هجری در آن محل حکومت کرد و در همین سال به دست سرداران خود کشته شد و بعد از وی حکومت سیستان نصیب فرزندش خلف ابن احمد شد. خلف در سال ۳۵۴ هجری عازم مکه گردید و در غیاب خود یکی از سرداران خود را به نام طاهر ابن حسین مأمور رسیدگی امور سیستان کرد. این سردار از غیبت خلف سوءاستفاده کرده، دعوی استقلال نمود. خلف بعد از مراجعت، از منصور ابن نوح سامانی یاری خواست. زمانی که سلطان محمود غزنوی از این امر مطلع شد، برای گرفتن انتقام خون بغرا جق در سال ۳۹۰ هجری به سیستان لشکرکشید. خلف از در آشتی درآمد و قبول کرد که سالیانه خراجی به محمود پرداخت کند. در سال ۳۹۲ هجری از طرف خلف فرزندش طاهر به مقام ولایتعهدی منصوب شد، لیکن طولی نکشید که از اقدام خود منصرف گردید و طاهر را کشت که همین عمل بسیار زشت وی سبب عدم رضایت سردارانش شد. سرداران خلف برای دفع وی، از سلطان محمود غزنوی یاری خواستند. در سال ۳۹۳ هجری سلطان محمود به سیستان حمله کرد. خلف چاره‌ای جز تسلیم نداشت. به‌فرمان محمود او را رهسپار گوزگانان کردند و بعد از چندی به دلیل همکاری با ایلخان ترک او را در زندان قلعه گردیز انداختند. مدتی هم در زندان دهک به سر برد تا در سال ۳۹۹ هجری در زندان درگذشت. قلمرو صفاریان شامل نواحی افغانستان و سیستان و فارس و کرمان بود.
ضمناً قلمرو صفاریان از سال ۲۹۸ – ۳۱۱ هجری به دست حکام سامانی اداره می‌شد. پس از زندانی شدن خلف، سیستان ضمیمه متصرفات سلطان محمود غزنوی شد. از این تاریخ اطلاعات چندانی از اوضاع سیاسی سیستان در دست نیست. در سال ۴۸۰ هجری ملک تاج‌الدین نامی در سیستان حکومت می‌کرد که پدرش طاهر نام داشت. به عقیده بعضی از مورخان، فرزند طاهر ابن خلف بود و برخی دیگر او را نوه دوم ابوحفص دانسته‌اند.